Architektonicznie najciekawsza budowla w okolicy, charakterystyczna dla okresu średniowiecznego – budowana z cegły z elementami charakteru gotyckiego. Początki kościoła można datować na pierwszą połowę XIV wieku.

Początkowo kościół parafialny przeszedł jednak pod protekcję rodu von Dohna, a parafianie uczęszczali do najbliższego kościoła w Młynarach. Na przełomie wieków XVII-XVIII zmienione zostało wnętrze na barokowe i tak przetrwało do roku 1945. Później, jak podaje ks. dr Mieczysław Józefczyk, „kościół w Młynarskiej Woli zajęli prawosławni i utrzymywali przez kilka lat, co przy stopniowym niszczeniu się kościoła stało się na dłuższą metę niemożliwe. ( Ks. dr Mieczysław Józefczyk – Elbląg i okolice 1937-1956, Elbląg 1998, s. 307.)

Dziś miejscowość od wschodu przylega do Młynar i oddzielają je jedynie tory kolejowe.

Młynarską Wolę odwiedzałem nie raz lecz na dłużej zatrzymałem się w początkach kwietnia, skąd pochodzą powyższe zdjęcia. Oprócz ruin kościoła św. Tomasza na terenie znajduje się jeszcze kilkanaście grobów. Pozostałości budowli widać z drogi prowadzącej z Młynar do Ornety, toteż nietrudno tam trafić. Wystarczy zboczyć na drogę prowadzącą na cmentarzyk w okolicach rzeczki Gardyny.